澳門航空配合上海浦東國際機場新建第二航廈〈T2〉啟用，計劃於2008年04月29日零時起將報到櫃檯由第一航廈〈T1〉遷移至第二航廈〈T2〉，由於遷移到第二航廈〈T2〉影響，櫃檯作業時間亦將調整為「航班起飛前2小時開始辦理報到作業，並於起飛前45分鐘結束作業」。此外若旅客計劃搭乘澳門航空航班至上海浦東機場銜接其他航班，建議預留轉機時間，說明如下：

　　 ※ 浦東國際機場〈機場代碼 PVG〉：T2內中轉至少要120分鐘，T2與T1間中轉至少要150分鐘。
　　 ※ 虹橋國內機場〈機場代碼 SHA〉：PVG與SHA間中轉至少要240分鐘。

補充說明：

1、澳門航空報到櫃檯位於第二航廈國際航線報到樓層E區11-18號櫃檯，由於遷移到第二航廈影響，櫃檯作業時間亦將調整為「航班起飛前2小時開始辦理報到作業，並於起飛前45分鐘結束作業」。

2、旅客可利用下列交通工具到達浦東機場第二航廈：

※ 機場專線：共提供8條服務路線，旅客搭乘專線可直接抵達第二航廈。

※ 磁浮列車：旅客抵達「磁浮列車浦東機場站」後，可經由車站與兩座航站間的連絡走廊進入第二航廈。

※ 計程車(租用車)：旅客可走A20號道路轉航站A1迎賓高架道路到達第二航廈。

3、T1與T2間轉機的旅客，可利用航廈間連絡走廊及免費接駁車前往T1或T2航廈〈接駁車營運時間為每日早上06:00至晚間21:00，每班間隔時間為15分鐘〉。

4、浦東與虹橋機場間轉機的旅客，可搭乘機場專線往來浦東與虹橋機場。

5、因遷移第二航廈影響，澳門航空免費接駁巴士乘車地點將做調整，目前與巴士公司及機場單位協調，澳門航空將盡速將資訊公告於網站中。